MEG3 long noncoding RNA regulates the TGF-β pathway genes through formation of RNA-DNA triplex structures [Elektronisk resurs]
-
Mondal, Tanmoy (författare)
-
Subhash, Santhilal (författare)
-
Vaid, Roshan (författare)
-
Enroth, Stefan (författare)
-
Uday, Sireesha (författare)
-
- Reinius, Björn (författare)
-
-
Alternativt namn: Reinius, Björn
-
Mitra, Sanhita (författare)
-
Mohammed, Arif (författare)
-
James, Alva Rani (författare)
-
Hoberg, Emily (författare)
-
Moustakas, Aristidis (författare)
-
Gyllensten, Ulf (författare)
-
Jones, Steven J M (författare)
-
Gustafsson, Claes M (författare)
-
Sims, Andrew H (författare)
-
Westerlund, Fredrik (författare)
-
Gorab, Eduardo (författare)
-
Kanduri, Chandrasekhar (författare)
-
Uppsala universitet Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet (utgivare)
-
Uppsala universitet Science for Life Laboratory, SciLifeLab (utgivare)
-
Uppsala universitet Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet (utgivare)
-
Uppsala universitet Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet (utgivare)
-
Gyllensten (medarbetare)
- 2015
- Engelska.
-
Ingår i: Nature Communications. - 2041-1723. ; 6
-
Läs hela texten
-
Läs hela texten
-
Läs hela texten
Sammanfattning
Ämnesord
Stäng
- Long noncoding RNAs (lncRNAs) regulate gene expression by association with chromatin, but how they target chromatin remains poorly understood. We have used chromatin RNA immunoprecipitation-coupled high-throughput sequencing to identify 276 lncRNAs enriched in repressive chromatin from breast cancer cells. Using one of the chromatin-interacting lncRNAs, MEG3, we explore the mechanisms by which lncRNAs target chromatin. Here we show that MEG3 and EZH2 share common target genes, including the TGF-β pathway genes. Genome-wide mapping of MEG3 binding sites reveals that MEG3 modulates the activity of TGF-β genes by binding to distal regulatory elements. MEG3 binding sites have GA-rich sequences, which guide MEG3 to the chromatin through RNA-DNA triplex formation. We have found that RNA-DNA triplex structures are widespread and are present over the MEG3 binding sites associated with the TGF-β pathway genes. Our findings suggest that RNA-DNA triplex formation could be a general characteristic of target gene recognition by the chromatin-interacting lncRNAs.
Ämnesord
- Medical and Health Sciences (hsv)
- Basic Medicine (hsv)
- Medical Genetics (hsv)
- Medicin och hälsovetenskap (hsv)
- Medicinska grundvetenskaper (hsv)
- Medicinsk genetik (hsv)
Inställningar
Hjälp
Beståndsinformation saknas