Sökning: onr:gp9bth3zd8cl5v1z > GROMACS 4.5
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
GROMACS 4.5 [Elektronisk resurs] a high-throughput and highly parallel open source molecular simulation toolkit
- Pronk, Sander (författare)
- Pall, Szilard (författare)
- Schulz, Roland (författare)
- Larsson, Per (författare)
- Bjelkmar, Pär (författare)
- Apostolov, Rossen (författare)
- Shirts, Michael R. (författare)
- Smith, Jeremy C. (författare)
- Kasson, Peter M. (författare)
- van der Spoel, David (författare)
- Hess, Berk (författare)
- Lindahl, Erik (författare)
- KTH Skolan för teknikvetenskap (SCI) (utgivare)
- KTH Centra (utgivare)
- Publicerad: 2013
- Engelska.
- Ingår i: Bioinformatics. - 1367-4803. ; 29:7, 845-854
- E-artikel/E-kapitel
Sammanfattning
Ämnesord
Inställningar
Hjälp
Stäng
- Motivation: Molecular simulation has historically been a low-throughput technique, but faster computers and increasing amounts of genomic and structural data are changing this by enabling large-scale automated simulation of, for instance, many conformers or mutants of biomolecules with or without a range of ligands. At the same time, advances in performance and scaling now make it possible to model complex biomolecular interaction and function in a manner directly testable by experiment. These applications share a need for fast and efficient software that can be deployed on massive scale in clusters, web servers, distributed computing or cloud resources. Results: Here, we present a range of new simulation algorithms and features developed during the past 4 years, leading up to the GROMACS 4.5 software package. The software now automatically handles wide classes of biomolecules, such as proteins, nucleic acids and lipids, and comes with all commonly used force fields for these molecules built-in. GROMACS supports several implicit solvent models, as well as new free-energy algorithms, and the software now uses multithreading for efficient parallelization even on low-end systems, including windows-based workstations. Together with hand-tuned assembly kernels and state-of-the-art parallelization, this provides extremely high performance and cost efficiency for high-throughput as well as massively parallel simulations.
Ämnesord
- Natural Sciences (hsv)
- Biological Sciences (hsv)
- Naturvetenskap (hsv)
- Biologiska vetenskaper (hsv)
Indexterm och SAB-rubrik
- Force-Field
- Free-Energy
- Biomolecular Simulation
- Dynamics
- Model
- Refinement
- Transition
- Efficient
- Constant
- Proteins
Beståndsinformation saknas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Sök vidare
Hjälp
- Fler titlar av
- Pronk, Sander
- Pall, Szilard
- Schulz, Roland
- Larsson, Per
- Bjelkmar, Pär
- Apostolov, Rossen
- visa fler...
- Shirts, Michael R.
- Smith, Jeremy C.
- Kasson, Peter M.
- van der Spoel, David
- Hess, Berk
- Lindahl, Erik
- KTH Skolan för tekni ...
- KTH Centra
- visa färre...
- Fler titlar om
- Natural Sciences
- Biological Sciences
- Naturvetenskap
- Biologiska vetenskap ...
- Värdpublikation
- Bioinformatics
- Fler artiklar
Sök utanför LIBRIS
Hjälp
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
- LibraryThing
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
