Startsida
Hjälp
Sök i LIBRIS databas

     

 

Sökning: onr:s3z1l5frqn07ln7c > Genetic variant pre...

Genetic variant predictors of gene expression provide new insight into risk of colorectal cancer [Elektronisk resurs]

Bien, Stephanie A. (författare)
Su, Yu-Ru (författare)
Conti, David V. (författare)
Harrison, Tabitha A. (författare)
Qu, Conghui (författare)
Guo, Xingyi (författare)
Lu, Yingchang (författare)
Albanes, Demetrius (författare)
Auer, Paul L. (författare)
Banbury, Barbara L. (författare)
Berndt, Sonja I. (författare)
Bezieau, Stephane (författare)
Brenner, Hermann (författare)
Buchanan, Daniel D. (författare)
Caan, Bette J. (författare)
Campbell, Peter T. (författare)
Carlson, Christopher S. (författare)
Chan, Andrew T. (författare)
Chang-Claude, Jenny (författare)
Chen, Sai (författare)
Connolly, Charles M. (författare)
Easton, Douglas F. (författare)
Feskens, Edith J. M. (författare)
Gallinger, Steven (författare)
Giles, Graham G. (författare)
Gunter, Marc J. (författare)
Hampe, Jochen (författare)
Huyghe, Jeroen R. (författare)
Hoffmeister, Michael (författare)
Hudson, Thomas J. (författare)
Jacobs, Eric J. (författare)
Jenkins, Mark A. (författare)
Kampman, Ellen (författare)
Kang, Hyun Min (författare)
Kuehn, Tilman (författare)
Kury, Sebastien (författare)
Lejbkowicz, Flavio (författare)
Le Marchand, Loic (författare)
Milne, Roger L. (författare)
Li, Li (författare)
Li, Christopher I. (författare)
Lindblom, Annika (författare)
Lindor, Noralane M. (författare)
Martin, Vicente (författare)
McNeil, Caroline E. (författare)
Melas, Marilena (författare)
Moreno, Victor (författare)
Newcomb, Polly A. (författare)
Offit, Kenneth (författare)
Pharaoh, Paul D. P. (författare)
Potter, John D. (författare)
Qu, Chenxu (författare)
Riboli, Elio (författare)
Rennert, Gad (författare)
Sala, Nuria (författare)
Schafmayer, Clemens (författare)
Scacheri, Peter C. (författare)
Schmit, Stephanie L. (författare)
Severi, Gianluca (författare)
Slattery, Martha L. (författare)
Smith, Joshua D. (författare)
Trichopoulou, Antonia (författare)
Tumino, Rosario (författare)
Ulrich, Cornelia M. (författare)
van Duijnhoven, Franzel J. B. (författare)
Van Guelpen, Bethany (författare)
Weinstein, Stephanie J. (författare)
White, Emily (författare)
Wolk, Alicja (författare)
Woods, Michael O. (författare)
Wu, Anna H. (författare)
Abecasis, Goncalo R. (författare)
Casey, Graham (författare)
Nickerson, Deborah A. (författare)
Gruber, Stephen B. (författare)
Hsu, Li (författare)
Zheng, Wei (författare)
Peters, Ulrike (författare)
Uppsala universitet Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet (utgivare)
Publicerad: 2019
Engelska.
Ingår i: Human Genetics. - 0340-6717. ; 138:4, 307-326
Läs hela texten
Läs hela texten
Läs hela texten
  • E-artikel/E-kapitel
Sammanfattning Ämnesord
Stäng  
  • Genome-wide association studies have reported 56 independently associated colorectal cancer (CRC) risk variants, most of which are non-coding and believed to exert their effects by modulating gene expression. The computational method PrediXcan uses cis-regulatory variant predictors to impute expression and perform gene-level association tests in GWAS without directly measured transcriptomes. In this study, we used reference datasets from colon (n=169) and whole blood (n=922) transcriptomes to test CRC association with genetically determined expression levels in a genome-wide analysis of 12,186 cases and 14,718 controls. Three novel associations were discovered from colon transverse models at FDR0.2 and further evaluated in an independent replication including 32,825 cases and 39,933 controls. After adjusting for multiple comparisons, we found statistically significant associations using colon transcriptome models with TRIM4 (discovery P=2.2x10(-4), replication P=0.01), and PYGL (discovery P=2.3x10(-4), replication P=6.7x10(-4)). Interestingly, both genes encode proteins that influence redox homeostasis and are related to cellular metabolic reprogramming in tumors, implicating a novel CRC pathway linked to cell growth and proliferation. Defining CRC risk regions as one megabase up- and downstream of one of the 56 independent risk variants, we defined 44 non-overlapping CRC-risk regions. Among these risk regions, we identified genes associated with CRC (P<0.05) in 34/44 CRC-risk regions. Importantly, CRC association was found for two genes in the previously reported 2q25 locus, CXCR1 and CXCR2, which are potential cancer therapeutic targets. These findings provide strong candidate genes to prioritize for subsequent laboratory follow-up of GWAS loci. This study is the first to implement PrediXcan in a large colorectal cancer study and findings highlight the utility of integrating transcriptome data in GWAS for discovery of, and biological insight into, risk loci. 

Ämnesord

Medical and Health Sciences  (hsv)
Basic Medicine  (hsv)
Medical Genetics  (hsv)
Medicin och hälsovetenskap  (hsv)
Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper  (hsv)
Medicinsk genetik  (hsv)
Medical and Health Sciences  (hsv)
Clinical Medicine  (hsv)
Cancer and Oncology  (hsv)
Medicin och hälsovetenskap  (hsv)
Klinisk medicin  (hsv)
Cancer och onkologi  (hsv)

Genre

government publication  (marcgt)
Inställningar Hjälp

Beståndsinformation saknas

Sök vidare

Hjälp
Fler titlar av
Bien, Stephanie A.
Su, Yu-Ru
Conti, David V.
Harrison, Tabitha A.
Qu, Conghui
Guo, Xingyi
visa fler...
Lu, Yingchang
Albanes, Demetrius
Auer, Paul L.
Banbury, Barbara L.
Berndt, Sonja I.
Bezieau, Stephane
Brenner, Hermann
Buchanan, Daniel D.
Caan, Bette J.
Campbell, Peter T.
Carlson, Christopher ...
Chan, Andrew T.
Chang-Claude, Jenny
Chen, Sai
Connolly, Charles M.
Easton, Douglas F.
Feskens, Edith J. M.
Gallinger, Steven
Giles, Graham G.
Gunter, Marc J.
Hampe, Jochen
Huyghe, Jeroen R.
Hoffmeister, Michael
Hudson, Thomas J.
Jacobs, Eric J.
Jenkins, Mark A.
Kampman, Ellen
Kang, Hyun Min
Kuehn, Tilman
Kury, Sebastien
Lejbkowicz, Flavio
Le Marchand, Loic
Milne, Roger L.
Li, Li
Li, Christopher I.
Lindblom, Annika
Lindor, Noralane M.
Martin, Vicente
McNeil, Caroline E.
Melas, Marilena
Moreno, Victor
Newcomb, Polly A.
Offit, Kenneth
Pharaoh, Paul D. P.
Potter, John D.
Qu, Chenxu
Riboli, Elio
Rennert, Gad
Sala, Nuria
Schafmayer, Clemens
Scacheri, Peter C.
Schmit, Stephanie L.
Severi, Gianluca
Slattery, Martha L.
Smith, Joshua D.
Trichopoulou, Antoni ...
Tumino, Rosario
Ulrich, Cornelia M.
van Duijnhoven, Fran ...
Van Guelpen, Bethany
Weinstein, Stephanie ...
White, Emily
Wolk, Alicja
Woods, Michael O.
Wu, Anna H.
Abecasis, Goncalo R.
Casey, Graham
Nickerson, Deborah A ...
Gruber, Stephen B.
Hsu, Li
Zheng, Wei
Peters, Ulrike
Uppsala universitet ...
visa färre...
Fler titlar om
Medical and Health S ...
Basic Medicine
Medical Genetics
Medicin och hälsovet ...
Medicinska och farma ...
Medicinsk genetik
visa fler...
Clinical Medicine
Cancer and Oncology
Klinisk medicin
Cancer och onkologi
visa färre...
Fler titlar i denna genre
government publicati ...
Värdpublikation
Human Genetics
Fler artiklar

Sök utanför LIBRIS

Hjälp
Om LIBRIS
Sekretess
Blogg
Hjälp
Fel i posten?
Kontakt
Teknik och format
Sök utifrån
Sökrutor
Plug-ins
Bookmarklet
Anpassa
Textstorlek
Kontrast
Vyer
LIBRIS söktjänster
SwePub
Sondera
Uppsök

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy