Startsida
Hjälp
Sök i LIBRIS databas

     

 

Sökning: onr:q1ctv725n0k80sbp > K-OPLS package: Ker...

K-OPLS package: Kernel-based orthogonal projections to latent structures for prediction and interpretation in feature space [Elektronisk resurs]

Bylesjö, Max (författare)
Rantalainen, Mattias (författare)
Nicholson, Jeremy K (författare)
Holmes, Elaine (författare)
Trygg, Johan (författare)
Computational Life Science Cluster (CLiC) (medarbetare)
Umeå universitet Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten (utgivare)
Publicerad: BioMed Central, 2008
Engelska.
Ingår i: BMC Bioinformatics. - 1471-2105. ; 9, 1-7
Läs hela texten
Läs hela texten
Läs hela texten
  • E-artikel/E-kapitel
Sammanfattning Ämnesord
Stäng  
  • Background: Kernel-based classification and regression methods have been successfully applied to modelling a wide variety of biological data. The Kernel-based Orthogonal Projections to Latent Structures (K-OPLS) method offers unique properties facilitating separate modelling of predictive variation and structured noise in the feature space. While providing prediction results similar to other kernel-based methods, K-OPLS features enhanced interpretational capabilities; allowing detection of unanticipated systematic variation in the data such as instrumental drift, batch variability or unexpected biological variation. Results: We demonstrate an implementation of the K-OPLS algorithm for MATLAB and R, licensed under the GNU GPL and available at http://www.sourceforge.net/projects/kopls/. The package includes essential functionality and documentation for model evaluation (using cross-validation), training and prediction of future samples. Incorporated is also a set of diagnostic tools and plot functions to simplify the visualisation of data, e.g. for detecting trends or for identification of outlying samples. The utility of the software package is demonstrated by means of a metabolic profiling data set from a biological study of hybrid aspen. Conclusion: The properties of the K-OPLS method are well suited for analysis of biological data, which in conjunction with the availability of the outlined open-source package provides a comprehensive solution for kernel-based analysis in bioinformatics applications. 

Ämnesord

Natural Sciences  (hsv)
Biological Sciences  (hsv)
Naturvetenskap  (hsv)
Biologiska vetenskaper  (hsv)

Genre

government publication  (marcgt)
Inställningar Hjälp

Beståndsinformation saknas

Om LIBRIS
Sekretess
Blogg
Hjälp
Fel i posten?
Kontakt
Teknik och format
Sök utifrån
Sökrutor
Plug-ins
Bookmarklet
Anpassa
Textstorlek
Kontrast
Vyer
LIBRIS söktjänster
SwePub
Sondera
Uppsök

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy