Startsida
Hjälp
Sök i LIBRIS databas

     

 

Sökning: onr:mw5c62hbks6xph3j > Analysis of porcine...

Analysis of porcine body size variation using re-sequencing data of miniature and large pigs [Elektronisk resurs]

Reimer, C. (författare)
Rubin, Carl-Johan (författare)
Sharifi, A. R. (författare)
Ha, N. -T (författare)
Weigend, S. (författare)
Waldmann, K. -H (författare)
Distl, O. (författare)
Pant, S. D. (författare)
Fredholm, M. (författare)
Schlather, M. (författare)
Simianer, H. (författare)
Uppsala universitet Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet (utgivare)
Uppsala universitet Science for Life Laboratory, SciLifeLab (utgivare)
Publicerad: BMC, 2018
Engelska.
Ingår i: BMC Genomics. - 1471-2164. ; 19
Läs hela texten
Läs hela texten
Läs hela texten
  • E-artikel/E-kapitel
Sammanfattning Ämnesord
Stäng  
  • Background: Domestication has led to substantial phenotypic and genetic variation in domestic animals. In pigs, the size of so called minipigs differs by one order of magnitude compared to breeds of large body size. We used biallelic SNPs identified from re-sequencing data to compare various publicly available wild and domestic populations against two minipig breeds to gain better understanding of the genetic background of the extensive body size variation. We combined two complementary measures, expected heterozygosity and the composite likelihood ratio test implemented in "SweepFinder", to identify signatures of selection in Minipigs. We intersected these sweep regions with a measure of differentiation, namely F-ST, to remove regions of low variation across pigs. An extraordinary large sweep between 52 and 61 Mb on chromosome X was separately analyzed based on SNP-array data of F-2 individuals from a cross of Goettingen Minipigs and large pigs. Results: Selective sweep analysis identified putative sweep regions for growth and subsequent gene annotation provided a comprehensive set of putative candidate genes. A long swept haplotype on chromosome X, descending from the Goettingen Minipig founders was associated with a reduction of adult body length by 3% in F-2 cross-breds. Conclusion: The resulting set of genes in putative sweep regions implies that the genetic background of body size variation in pigs is polygenic rather than mono-or oligogenic. Identified genes suggest alterations in metabolic functions and a possible insulin resistance to contribute to miniaturization. A size QTL located within the sweep on chromosome X, with an estimated effect of 3% on body length, is comparable to the largest known in pigs or other species. The androgen receptor AR, previously known to influence pig performance and carcass traits, is the most obvious potential candidate gene within this region. 

Ämnesord

Natural Sciences  (hsv)
Biological Sciences  (hsv)
Genetics  (hsv)
Naturvetenskap  (hsv)
Biologiska vetenskaper  (hsv)
Genetik  (hsv)
Agricultural and Veterinary sciences  (hsv)
Agricultural Biotechnology  (hsv)
Genetics and Breeding in Agricultural Sciences  (hsv)
Lantbruksvetenskap och veterinärmedicin  (hsv)
Bioteknologi med applikationer på växter och djur  (hsv)
Genetik och förädling inom lantbruksvetenskap  (hsv)

Genre

government publication  (marcgt)

Indexterm och SAB-rubrik

Goettingen Minipig
Whole genome resequencing
Body size
X-chromosomal QTL
Inställningar Hjälp

Beståndsinformation saknas

Om LIBRIS
Sekretess
Blogg
Hjälp
Fel i posten?
Kontakt
Teknik och format
Sök utifrån
Sökrutor
Plug-ins
Bookmarklet
Anpassa
Textstorlek
Kontrast
Vyer
LIBRIS söktjänster
SwePub
Sondera
Uppsök

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy