Startsida
Hjälp
Sök i LIBRIS databas

     

 

Sökning: onr:gp9bth3zd8cl5v1z > GROMACS 4.5

GROMACS 4.5 [Elektronisk resurs] a high-throughput and highly parallel open source molecular simulation toolkit

Pronk, Sander (författare)
Pall, Szilard (författare)
Schulz, Roland (författare)
Larsson, Per (författare)
Bjelkmar, Pär (författare)
Apostolov, Rossen (författare)
Shirts, Michael R. (författare)
Smith, Jeremy C. (författare)
Kasson, Peter M. (författare)
van der Spoel, David (författare)
Hess, Berk (författare)
Lindahl, Erik (författare)
KTH Skolan för teknikvetenskap (SCI) (utgivare)
KTH Centra (utgivare)
Publicerad: 2013
Engelska.
Ingår i: Bioinformatics. - 1367-4803. ; 29:7, 845-854
Läs hela texten
Läs hela texten
Läs hela texten
  • E-artikel/E-kapitel
Sammanfattning Ämnesord
Stäng  
  • Motivation: Molecular simulation has historically been a low-throughput technique, but faster computers and increasing amounts of genomic and structural data are changing this by enabling large-scale automated simulation of, for instance, many conformers or mutants of biomolecules with or without a range of ligands. At the same time, advances in performance and scaling now make it possible to model complex biomolecular interaction and function in a manner directly testable by experiment. These applications share a need for fast and efficient software that can be deployed on massive scale in clusters, web servers, distributed computing or cloud resources. Results: Here, we present a range of new simulation algorithms and features developed during the past 4 years, leading up to the GROMACS 4.5 software package. The software now automatically handles wide classes of biomolecules, such as proteins, nucleic acids and lipids, and comes with all commonly used force fields for these molecules built-in. GROMACS supports several implicit solvent models, as well as new free-energy algorithms, and the software now uses multithreading for efficient parallelization even on low-end systems, including windows-based workstations. Together with hand-tuned assembly kernels and state-of-the-art parallelization, this provides extremely high performance and cost efficiency for high-throughput as well as massively parallel simulations. 

Ämnesord

Natural Sciences  (hsv)
Biological Sciences  (hsv)
Naturvetenskap  (hsv)
Biologiska vetenskaper  (hsv)

Indexterm och SAB-rubrik

Force-Field
Free-Energy
Biomolecular Simulation
Dynamics
Model
Refinement
Transition
Efficient
Constant
Proteins
Inställningar Hjälp

Beståndsinformation saknas

Om LIBRIS
Sekretess
Blogg
Hjälp
Fel i posten?
Kontakt
Teknik och format
Sök utifrån
Sökrutor
Plug-ins
Bookmarklet
Anpassa
Textstorlek
Kontrast
Vyer
LIBRIS söktjänster
SwePub
Sondera
Uppsök

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy