Startsida
Hjälp
Sök i LIBRIS databas

     

 

Sökning: onr:2cp56svh0zbnd6px > Identification and ...

Identification and validation of genetic variants predictive of gait in standardbred horses [Elektronisk resurs]

McCoy, Annette M. (författare)
Beeson, Samantha K. (författare)
Rubin, Carl-Johan (författare)
Andersson, Leif (författare)
Caputo, Paul (författare)
Lykkjen, Sigrid (författare)
Moore, Alison (författare)
Piercy, Richard J. (författare)
Mickelson, James R. (författare)
McCue, Molly E. (författare)
Uppsala universitet Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet (utgivare)
Publicerad: PUBLIC LIBRARY SCIENCE, 2019
Engelska.
Ingår i: PLoS Genetics. - 1553-7390. ; 15:5
Läs hela texten
Läs hela texten
Läs hela texten
  • E-artikel/E-kapitel
Sammanfattning Ämnesord
Stäng  
  • Several horse breeds have been specifically selected for the ability to exhibit alternative patterns of locomotion, or gaits. A premature stop codon in the gene DMRT3 is permissive for gaitedness across breeds. However, this mutation is nearly fixed in both American Standardbred trotters and pacers, which perform a diagonal and lateral gait, respectively, during harness racing. This suggests that modifying alleles must influence the preferred gait at racing speeds in these populations. A genome-wide association analysis for the ability to pace was performed in 542 Standardbred horses (n = 176 pacers, n = 366 trotters) with genotype data imputed to similar to 74,000 single nucleotide polymorphisms (SNPs). Nineteen SNPs on nine chromosomes (ECA1, 2, 6, 9, 17, 19, 23, 25, 31) reached genome-wide significance (p < 1.44 x 10(-6)). Variant discovery in regions of interest was carried out via whole-genome sequencing. A set of 303 variants from 22 chromosomes with putative modifying effects on gait was genotyped in 659 Standardbreds (n = 231 pacers, n = 428 trotters) using a high-throughput assay. Random forest classification analysis resulted in an out-of-box error rate of 0.61%. A conditional inference tree algorithm containing seven SNPs predicted status as a pacer or trotter with 99.1% accuracy and subsequently performed with 99.4% accuracy in an independently sampled population of 166 Standardbreds (n = 83 pacers, n = 83 trotters). This highly accurate algorithm could be used by owners/trainers to identify Standardbred horses with the potential to race as pacers or as trotters, according to the genotype identified, prior to initiating training and would enable fine-tuning of breeding programs with designed matings. Additional work is needed to determine both the algorithm's utility in other gaited breeds and whether any of the predictive SNPs play a physiologically functional role in the tendency to pace or tag true functional alleles. 

Ämnesord

Agricultural and Veterinary sciences  (hsv)
Agricultural Biotechnology  (hsv)
Genetics and Breeding in Agricultural Sciences  (hsv)
Lantbruksvetenskap och veterinärmedicin  (hsv)
Bioteknologi med applikationer på växter och djur  (hsv)
Genetik och förädling inom lantbruksvetenskap  (hsv)

Genre

government publication  (marcgt)
Inställningar Hjälp

Beståndsinformation saknas

Om LIBRIS
Sekretess
Blogg
Hjälp
Fel i posten?
Kontakt
Teknik och format
Sök utifrån
Sökrutor
Plug-ins
Bookmarklet
Anpassa
Textstorlek
Kontrast
Vyer
LIBRIS söktjänster
SwePub
Sondera
Uppsök

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy