Startsida
Hjälp
Sök i LIBRIS databas

     

 

Sökning: onr:20697502 > Proteogenomics prod...

Proteogenomics produces comprehensive and highly accurate protein-coding gene annotation in a complete genome assembly of Malassezia sympodialis [Elektronisk resurs]

Zhu, Yafeng, 1987- (författare)
Engstrom, Par G. (författare)
Tellgren-Roth, Christian, 1971- (författare)
Baudo, Charles D. (författare)
Kennell, John C. (författare)
Sun, Sheng (författare)
Billmyre, R. Blake (författare)
Schroder, Markus S. (författare)
Andersson, Anna (författare)
Holm, Tina (författare)
Sigurgeirsson, Benjamin (författare)
Wu, Guangxi (författare)
Sankaranarayanan, Sundar Ram (författare)
Siddharthan, Rahul (författare)
Sanyal, Kaustuv (författare)
Lundeberg, Joakim (författare)
Nystedt, Björn, 1978- (författare)
Alternativt namn: Nystedt, Björn, 1978-
Boekhout, Teun (författare)
Dawson, Thomas L. (författare)
Heitman, Joseph (författare)
Scheynius, Annika (författare)
Lehtio, Janne (författare)
Uppsala universitet Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet (utgivare)
Uppsala universitet Science for Life Laboratory, SciLifeLab (utgivare)
Uppsala universitet Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet (utgivare)
Publicerad: OXFORD UNIV PRESS, 2017
Engelska.
Ingår i: Nucleic Acids Research. - 0305-1048. ; 45:5, 2629-2643
Läs hela texten
Läs hela texten
Läs hela texten
  • E-artikel/E-kapitel
Sammanfattning Ämnesord
Stäng  
  • Complete and accurate genome assembly and annotation is a crucial foundation for comparative and functional genomics. Despite this, few complete eukaryotic genomes are available, and genome annotation remains a major challenge. Here, we present a complete genome assembly of the skin commensal yeast Malassezia sympodialis and demonstrate how proteogenomics can substantially improve gene an-notation. Through long-read DNA sequencing, we obtained a gap-free genome assembly for M. sympodi-alis (ATCC 42132), comprising eight nuclear and one mitochondrial chromosome. We also sequenced and assembled four M. sympodialis clinical isolates, and showed their value for understanding Malassezia reproduction by confirming four alternative allele combinations at the two mating-type loci. Importantly, we demonstrated how proteomics data could be readily integrated with transcriptomics data in standard annotation tools. This increased the number of annotated protein-coding genes by 14% (from 3612 to 4113), compared to using transcriptomics evidence alone. Manual curation further increased the number of protein-coding genes by 9% (to 4493). All of these genes have RNA-seq evidence and 87% were confirmed by proteomics. The M. sympodialis genome assembly and annotation presented here is at a quality yet achieved only for a few eukaryotic organisms, and constitutes an important reference for future host-microbe interaction studies. 

Ämnesord

Natural Sciences  (hsv)
Biological Sciences  (hsv)
Biochemistry and Molecular Biology  (hsv)
Naturvetenskap  (hsv)
Biologiska vetenskaper  (hsv)
Biokemi och molekylärbiologi  (hsv)
Inställningar Hjälp

Beståndsinformation saknas

Om LIBRIS
Sekretess
Blogg
Hjälp
Fel i posten?
Kontakt
Teknik och format
Sök utifrån
Sökrutor
Plug-ins
Bookmarklet
Anpassa
Textstorlek
Kontrast
Vyer
LIBRIS söktjänster
SwePub
Sondera
Uppsök

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy